Après le grand tremblement de terre de Nôbi, Nôbi daijishin 濃尾大地震, du 28 octobre 1891 et afin d'éviter à l'avenir de telles destructions, l'agence de recherche et de prévention des séismes, la Shinsai yobô chôsai kai 震災予防調査会, est créée le 25 juin 1892 (Meiji 25) à l'initiative de Kikuchi Dairoku 菊池大麓 (1855-1917), mathématicien et professeur à l'université impériale de Tokyo, Teikoku daigaku 帝国大学.
Le grand séisme de Nôbi s'est produit dans les préfectures d'Aichi 愛知 et de Gifu 岐阜 et a été à l'origine d'un grand nombre de victimes et de dégâts. On dénombre 7.273 décès, plus de 140.000 bâtiments ont été totalement détruits et près de 80.000 endommagés.
Devant l'ampleur des dégâts, le gouvernement de Meiji décide de mettre sur pied un organisme d'étude des séismes afin de prévoir la survenance de futurs tremblements de terre et de réduire au minimum les dommages causés.
Kikuchi Dairoku 菊池大麓 (1855-1917) présente alors une motion à la chambre haute du parlement japonais pour créer un nouvel organisme d'Etat. Le 27 mai 1862, un édit impérial est issu pour la création d'un organisme de recherche placé sous le contrôle du ministre de l'Education, le monbu daijin 文部大臣.
Kikuchi Dairoku est nommé directeur et il y siègera jusqu'en 1901.
Les principaux champs d'étude de l'agence portent sur les domaines suivants :
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- L'histoire des tremblements de terre, jishin-shi no chôsa 地震史の調査;
- La géologie, chiritsugaku-jô no chôsa 地質学上の調査;
- La sismographie, jishin keisoku 地震計測;
- La mesure des phénomènes de subsidence, tochi keisha no sokutei 土地傾斜の測定;
- L'observation du champ magnétique terrestre, chijiki no kansoku 地磁気の観測;
- La mesure des températures sousterrainnes, chichû ondo no sokutei 地中温度の測定;
- La mesure de la gravitation, jûryoku no sokutei 重力の測定;
- L'observation des variations de latitude, ido henka no kansoku 緯度変化の観測;
- L'analyse des sols, jiban no chôsa 地盤の調査;
- La géophysique, chikyûbutsurigaku 地球物理学;
- L'étude de la résistance aux tremblements de terre des bâtiments, taishin kenchiku no kenkyû 耐震建築の研究;
- L'architecture, kenchikugaku 建築学.
Ce fut le premier organisme au monde réalisant des études techniques en sismologie tant théoriques que sur le terrain.
A partir de la fin des années 20, avec le développement des études et la spécialisation des domaines d'études, l'agence a vu un certain nombre de ses départements passer sous le contrôle d'autres ministères.
En 1926, l'étude du champ magnétique terrestre a été attribuée au service des voies d'eau, suiro-bu 水路部, du ministère de l'armée de mer, Kaigunshô 海軍省. L'observation des variations de latitude et la mesure de la gravitation sont placées sous la responsabilité de la toute nouvelle Agence de géodésie, Sokuchigaku i-inkai 測地学委員会, créée en 1899.
Un des plus éminents membres de l'Agence de recherche et de prévention des séismes est le professeur Ômori Fusakichi 大森房吉 (1868-1923), spécialiste en sismologie. Parmi ses nombreuses contributions, il développe un sismomètre qui mesure l'intensité des séismes et met au point une formule qui permet de déterminer la distance de l'épicentre à partir de la durée des secousses telluriques. Il se trouvait à l'étranger lorsque s'est produit le grand tremblement de terre de Tokyo en 1923, Kantô daishinsai 関東大震災.
C'est à ce moment-là que des chercheurs exigent la création d'une institution pérenne consacrée uniquement aux études scientifiques. Ce sera l'Institut de recherche en sismologie de l'université de Tokyo, Tôkyô daigaku jishin kenkyû-jô 東京大学地震研究所 qui est créé en 1925. En même temps est inauguré le Conseil de prévention des séismes, Shinsai yobô hyôgika 震災予防評議会.
L'agence est réorganisée le 12 mai 1941 en la fondation de prévention des séismes, Zaidan hôshin shinsai yôbo kyôkai 財団法人震災予防協会.
